厚生労働省に認められた登録医療機関のみが先進医療を行える
「先進医療A」は比較的多くのクリニックや病院が登録できる
先進医療Aについては、比較的多くの医療機関が登録することができます。
ただし、先進医療Aには「タイムラプス撮像法による受精卵・胚の培養」のように、申請すればほぼすべての医療機関が導入できるものもあれば、「子宮内膜受容能(ERA)検査」のように条件を満たさないとできないものもあります。
「先進医療B」は行える医療機関が限られている
先進医療Aにくらべて、先進医療Bはより慎重に審査されるので、登録できる医療機関はあまり多くありません。
先進医療を認められた医療機関以外で行う場合は自由診療になる
厚生労働省に「先進医療」として承認された医療機関で行った場合は先進医療となりますが、それと同じ検査や治療でも、承認された医療機関以外で行う場合には自由診療となります。その場合は混合診療になってしまうため、保険診療との併用はできません。

たとえば、「着床前胚異数性検査(PGT-A/着床前診断)」を先進医療Bとして申請し、認められている医療機関は全国に4施設(*)しかありません。それ以外の不妊治療クリニックや生殖医療のできる病院で着床前診断をする場合は、採卵後に着床前診断を行い、胚移植をするまですべて自費となります。*令和7年(2025年)3月31日時点
また、反復流産や習慣流産、不育症などに対して、患者さん自身の血液から血小板を抽出して子宮内に注入する「PRP(多血小板血漿)療法」や、胚の着床を促すのに効果的といわれる「GM-CSF(顆粒球マクロファージコロニー刺激因子)」など、自由診療で行われている医療技術を体外受精の治療に組み込んだ場合には、採卵から胚移植までを含めてすべて自費になります。
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